В течении месяца у оператора ГСМ получаем бензин по чекам или по карточкам.
В качестве первичного документа, выступают чеки, которые проводятся в УПП как Поступления товаров и услуг.
В конце месяца, за выбранный объем бензина нам дают скидку и мы получаем Счет с учетом скидки.
Т.е. если сложить сумму всех чеков и сам счет, то выходит разница на сумму скидки.

Как в УПП провести эту скидку? Каким документом или операцией?

Корректировка долга, с видом - изменение задолженности. Но этот вариант удобен только если Вы получаете по чеку одну номенклатурную позицию, т.к. этим документом будет возможна корректировка только по одной позиции на один документ корректировки.
А вообще надо как-то пересмотреть регламент работы с таким поставщиком, не знаю условий договора поэтому советовать ничего не буду. Возможно стоит в 1С как-то по другому вести такой учет.

А как Вы видите ведение подобного учета в УПП?

Для того что бы его видеть в УПП надо сначала видеть договор, откуда я знаю как работает цепочка в целом...