В конфе Бух ПРОФ 292 в документе Приложение2 в процедуре ВводНаОсновании есть такой код:

Если (ДокОсн.ЧтоПродаем <> Перечисление.ЧтоПродаем.ТМЦ) или (ДокОсн.Валюта <> Гривня) Тогда
Предупреждение("Выписка Приложения №1 предусмотрена только при продаже ТМЦ в гривнях!");
СтатусВозврата(0);
Возврат;
КонецЕсли;

Однако возникла необходимость создать приложение 2 для НН, в которой продается НА за гривны. Как это сделать штатными средствами конфигурации, не ломая кода?

Вы же его как-то реализовали, потом вам его как-то вернули. Когда реализовали - выписывали налоговую накладную. Есть все основания для ввода приложения 2 на основании и нет основания править код.

В НН стоит ЧтоПродаем = Перечисление.ЧтоПродаем.ТМЦ.НеоборотныеАктивы, а следовательно Предупреждение("Выписка Приложения №1 предусмотрена только при продаже ТМЦ в гривнях!");.