Заметил что во время ввода "НО" по задолженности не проводятся налоговые обязательства. Вот как это выглядит. Почему это происходит?

В УПП нет традиционного отображения проводок по НДС.
По началу механизм кажется запутанным и не понятным, но если проанализировать одного контрагента - ситуация проясняется.
НДС (проводка) отображается только в приходной накладной, даже если была предоплата, а в конце док.Регистрация авансов проводки сторнируются, если остаются авансы (предоплата) и переносятся на следующий месяц.

И все таки я не понимаю по НДС: прошел аванс - НДС не начислен, приходная накладная НДС Дт6442, налоговая накладная: Дт641 кт 6442, но если аванс меньше прихода или больше каким документом регулируется счет 6441?

Документом "Регистрация авансов по НДС" - он разберет по полкам входящий и исходящий НДС.
А в течении месяца для контроля ндс есть специальные отчеты
ну а если больше, меньше предоплата, то все равно налоговую в ручном режиме выписывать.