Есть сканер ШК подключенный к локальной машине через usb. Работа производиться через терминальный режим. Версия 1С 8.2.13.219 конфа УТП, версия драйвера АТОЛЛ 5.7.1.221.
Проблема в следующем, что когда сканируешь код в обычный текстовый файл все сканируется правильно, а в 1С работает как ему захочется. То сканирует нормально, то обрезает в ШК начальные цифры слева, причем постоянно разное количество, т.е. считывает не полностью. Например вместо 12345678, считает, 345678 или 45678, 78. В чем может быть проблема? как настроить? Такое впечатление, что происходит где-то задержка или потери.

Так и есть. При работе в терминале возможно такое поведение. Для решения проблемы рекомендуется увеличить чувствительность. По умолчанию стоит 30, рекомендую поставить 100. Но иногда может проскакивать некорректное сканирование.
необходимо зарегистрироваться для просмотра ссылки пункт 12.

Так оно и есть.
Только в обработке обслуживания в процедуре подключения, установка чувствительности отключена(коммент), т.к. если ее сделать активной, то при подключении пишет, что "Поле объекта "Чувствительность" не обнаружено". Вот такие вот дела.
Как с этим быть?

Точно пункт 12 выполнен, там ни слова про обработку обслуживания не сказано.

Сказано:
3. Скопируйте файл «ATOLBarcodeScan_v2.epf» на локальный диск (это файл обработки обслуживания сканера)

Так вот в этой обработке есть процедура "Подключить..." вней есть параметр "Чувствительность" я его закоментил, т.к. с ним не работает вообще, пишет ошибку которую я описывал Выше.
Может проблема в том, что драйвер не последней версии. Какая последняя бесплатная версия? Еще фишка в том что на 8.1. все работало!!!

12. Откройте меню «Сервис» -> «Параметры».
Выберите окно «Драйвер устройств ввода»
Откройте «Поиск оборудования». Считайте штрих-код, на работу с которым настроен сканер (Рекомендуется EAN 8 или EAN 13). Укажите Порт, отображенный при поиске оборудования после чтения ШК «клавиатура», Модель «Сканер штрих-кода», укажите префикс и суффикс в соответствии с настройками сканера (по умолчанию префикс пустой, суффикс #13), отобразившимися при поиске оборудования (префикс и суффикс отображаются в поле «Данные», соответственно до и после символов штрихкода), укажите чувствительность . Для сканера, подключаемого через клавиатурный порт по умолчанию 30, если считываться будет не полностью(наблюдается при работе в терминале), то чувствительность нужно увеличить до стабильного рабочего состояния сканера.
Поставьте флаг «Устройство включено».
Нажмите кнопку «Применить».