Нельзя провести списание ТМЦ, выдает недостаточно ТМЦ (Регистр "Партиии").
Подскажите пожалуйста, как устранить эту проблему.

Почему?

Если у вас партионный учет, укажите партию в которой есть остатки в поле Предпочтение. Лучше воспользоваться Подбором по партиям в таком случае.