В случае выявления недостачи товарно-материальных ценностей, сумма компенсации такой недостачи виновным лицом фактически является компенсацией стоимости таких товарно-материальных ценностей и включается в базу налогообложения НДС.

Если лицо, виновное в недостаче товарно-материальных ценностей, не установлено, и соответственно возмещения убытков виновным лицом не происходит, то плательщик НДС должен начислить налоговые обязательства по НДС согласно п. 198.5 Налогового кодекса Украины (далее - НКУ) исходя из базы налогообложения, определенной в соответствии с п. 189.1 НКУ, поскольку такие товарно-материальные ценности не могут быть использованы в хозяйственной деятельности налогоплательщика.