Конфигурация "Торговля для ЧП", при заполнении документа "Инвентаризация" заполняет неверными остатками, причем не по всем позициям а только некоторые. Т.е. остатки по отчету "Ведомость товаров на складах" и данные в "Инвентаризации" разные. С чем это может быть связано?

Вот и посмотрите историю движений такого неправильного ТМЦ, постарайтесь найти движение на сумму и количество разницы, отраженное только в доке или только в отчете - может возврат не попадает в отчет из-за отбора по статусу партий?

Движение документов соответствует остатку по "Ведомости", цифра которая попадает в "Инвентаризацию" вообще берется непонятно откуда, т.к. на некоторые позиции превышает реально поступившее количество за весь период. И еще по некоторым позициям почему-то учетная сумма идет со знаком "-".

Чудес не бывает. Ищите ошибки в проведении документов.
Гадалки уехали отмечать день студента.