Как в Форме трудовой деятельности удалить период для стажа по больничному т.е. что часть времени (оптуск до 3 лет и др. ) не входит в стаж для больничного?

У вас очевидно проблемы с заполнением Регистра сведений "Начальные сведения о стаже сотрудников организаций". Попробуйте удалить в регистре запись "страховой стаж для больничного" и создать новую , но при этом отключить галку "заполнение по данным о трудовой деятельности" и поставить внизу этой формы начальный стаж вручную.