Есть обработка Универсальные подбор и обработка объектов
Как ей изменить табельный номер (первые 5 цифр) с 00000 на допустим 00001.
Не могу вспомнить как забивал префикс. Главное - изменить ли она все ссылки или нет?

Табельный номер в УПП - это код.
В универсальной обработке ( с диска ИТС ) на вкладке обработки есть пункт - "Перенумерация объекта".
Это то, что Вам надо.
Перед обработкой массива данных, рекомендуется сделать архивную копию.