Есть 3 базы: А,Б и В с разными конфигурациями. Обмен между ними настроен по принципу А<->Б<->В. Документ ПеремещениеТоваров регистрируется для обмена не автоматически, а через подписку на событие перед записью. Поэтому при обмене возникает ситуация: Документ создается в базе А, по обмену переливается в базу Б и там "застряет" из-за того, что не отрабатывает подписка на событие.
Подозреваю, что нужно дописывать код в обмен А->Б для дополнительного вызова функции по регистрации документа в плане обмена Б->В. Если да, то в какой обработчик события лучше вписать такой код? Если нет, то как пытаться решить такую проблему?

При обмене должно вроде срабатывать перед записью. Точно не срабатывает? Может там какое-то условие не выполняется, например:

Если ОбменДанными.Загрузка Тогда
   Возврат;
КонецЕсли;

Так ПередЗапсью, если это новый объект - его нет физически в базе, поэтому и регистрировать для обмена нечего. Регистрировать в таком случае надо ПриЗаписи.