Лишили сотрудника совмещения с помощью приказа на увольнение с внутреннего совмещения. Вместе с приказом исчезли удержание профсоюзного взноса и удержание алиментов с основной должности. Тут же сделали этот приказ непроведенным, но уже позно, алименты назад не вернуть, нужно создавать новый исполнительный лист, может кто-то сталкивался с этой проблемой.

Проверьте в справочнике "Сотрудники" на закладке дополнительно. есть ли у вас строчки.
Или в подчиненных справочниках.
Например стоите на сотруднике.
Действия-подчиненный справочник-доп расчеты сотрудника.
Есть ли у вас строчки по основному и совмещению, если вдруг они помечены на удаление снимите пометку на удаление.
потом перепроведите документ (расчет /зп) и расчитайте журнал зарплата.