при проведения документа "ТабельУчетаРабочегоВремени" есть код:

    НаборЗаписей = РегистрыСведений.ГрафикиРаботыПоВидамВремени.СоздатьНаборЗаписей();
    Пока ВыборкаЗапроса.Следующий() Цикл
        
        НаборЗаписей.Отбор.План.Установить(Ложь);
        НаборЗаписей.Отбор.ГрафикРаботы.Установить(ВыборкаЗапроса.Сотрудник);
        НаборЗаписей.Отбор.Месяц.Установить(ВыборкаЗапроса.Месяц);

        Если ВыборкаЗапроса.УдалятьЗаписиЗаПериод Тогда
            НаборЗаписей.Очистить();
            НаборЗаписей.Записать();
        Иначе
        
            НаборЗаписей.Прочитать();
            Для Каждого Запись Из НаборЗаписей Цикл
                Если (Запись.Документ = Ссылка) Тогда
                    Запись.ОсновноеЗначениеПолное = 0;
                    Запись.ДополнительноеЗначениеПолное = 0;
                    Запись.Документ = Документы.ТабельУчетаРабочегоВремениОрганизации.ПустаяСсылка();
                КонецЕсли;
            КонецЦикла;
            НаборЗаписей.Записать();
        КонецЕсли;
    КонецЦикла;

с некоторых пор документ проводится очень долго. Документы заполняют и проводят табельщики, около 50-ти пользователей.

1) В строке

 НаборЗаписей.Записать();

блокируется вся таблица?
2) Как этого избежать?

Перевести базу в Клиент-Серверный режим работы.

база работает в клиент-сервер

Если режим работы Клиент-Серверный и набор измерений разный - то не блокируется.

50 табельщиков? Однако...
Попробуйте проанализировать, с некоторых пор - с чем связано?
Я бы для начала ЦУПом посмотрел осторожненько.

Что такое ЦУП?

Тогда отставить ЦУП . Центр управления производительностью. Если его просто заинсталить и запустить, чтоб он "что-то" показывал - толку от этого будет не много.

ЦентрУправленияПроизводительностью из КорпоративногоИнструментальногоПакета.
Замер делается при реальной работе - покажет рейтинг самых "тяжелых" фрагментов кода.
Хотя, здесь будет непросто - нужно запустить замер во время массового проведения Табелей.
Я с ним работал давно(может, в последних релизах доработали) - при длительности замера более минуты в момент окончания замера вешает систему намертво на довольно ощутимое время. Тормозит ли весь сервер 1с или только "свой" сеанс - сам на проверял.