Для вывода иерархического справочника в отчет с сохранением иерархии необходимо пользоваться запросом аналогичным следующему:

ВЫБРАТЬ
    Номенклатура.Код, 
    Номенклатура.Наименование КАК Наименование, 
    Номенклатура.ЗакупочнаяЦена 
ИЗ 
    Справочник.Номенклатура КАК Номенклатура 
УПОРЯДОЧИТЬ ПО 
    Наименование ИЕРАРХИЯ

Данный запрос выбирает все записи из справочника и производит упорядочивание по иерархии. Результат будет упорядочен по наименованию, с учетом иерархии.

Для того чтобы группы справочника размещались выше элементов необходимо в данном запросе заменить предложение УПОРЯДОЧИТЬ ПО на следующее:

УПОРЯДОЧИТЬ ПО 
    Номенклатура.ЭтоГруппа ИЕРАРХИЯ, 
    Наименование

Результат по-прежнему будет упорядочен по иерархии, однако группы будут располагаться выше элементов.

Возможна также замена предложения УПОРЯДОЧИТЬ ПО на предложение АВТОУПОРЯДОЧИВАНИЕ. В этом случае результат будет упорядочен в соответствии с настройками справочника, т.е. если в справочнике указано, что группы должны располагаться выше элементов, то они будут расположены выше.

Получить иерархическую структуру справочника также возможно и при помощи итогов.

ВЫБРАТЬ 
    Номенклатура.Код, 
    Номенклатура.Наименование КАК Наименование, 
    Номенклатура.ЗакупочнаяЦена 

ИЗ Справочник.Номенклатура КАК Номенклатура 

ГДЕ 
    (Номенклатура.ЭтоГруппа = ЛОЖЬ) 

УПОРЯДОЧИТЬ ПО Наименование 

ИТОГИ ПО Номенклатура.Ссылка ТОЛЬКО ИЕРАРХИЯ