сделайте один запрос с объединением.
ВЫБРАТЬ СтрокаПКО.Номинал, СтрокаПКО.Ссылка.Дата, СтрокаПКО.КоличествоКупюр, 0, СтрокаПКО.КоличествоКупюр
ИЗ Документ.ПКО.Купировка как СтрокаПКО
ОБЪЕДИНИТЬ ВСЕ
ВЫБРАТЬ СтрокаРКО.Номинал, СтрокаРКО.Ссылка.Дата, 0, СтрокаРКО.КоличествоКупюр, -1*СтрокаРКО.КоличествоКупюр
ИЗ Документ.РКО.Купировка как СтрокаПКО
Как то так. Но это если нет начального остатка купюр. Если все таки он есть - нужно строить полный учет, с регистром и движениями.