1. Тема не в том разделе. Читайте внимательно, где создаете темы.
2. У Вас в цикле документ-объект записывается столько раз, сколько строк в документе.
3. Есть есть регистры накопления/сведений, привязанные к документу, то они перезаписываются при проведении. У вас режим записи документа явно не указан, так что ваши документы просто записываются. (Причем, каждый по много раз)
4. Нужно бы узнать, почему нельзя воспользоваться процедурой ЗаполнитьЗначенияСвойств, а каждой строке что-то переприсваивать?