Думаю, Вы не выполнили регистрацию отчетов (в Настройках на закладке "Регистрация отчетов").
Я кое-что изменил в обработке (повторюсь, автор - не я, я только актуализировал обработку).
Что изменил:
- теперь обработки автоматически регистрируются при открытии обработки, и снимается признак использования внешнего отчета при закрытии обработки.
Это упростит работу с обработкой для пользователя
- добавил в настройках опцию "ВыгружатьКодЕДРПОУПокупателя". В описании указал, что будет происходить. Для чего это нужно - в МЕДоке появилась возможность автоматически отсылать налоговый документ контрагенту, по его коду ЕДРПОУ. При проверке по схеме будет выдаваться предупреждение о некорректном реквизите, но файл выгружается, не волнуйтесь

Подправил для Налоговых накладных с января 2015 года (проверено на типовой "Бухгалтерии для Украины", релиз 1.2.25.1)
[attachment=791:Группова...L__2015_.zip]

Документ "Зарплата к выплате" - он подготавливает суммы к выплате, но не является подтверждающим документом. Варианта два: 1) В верхней части документа есть кнопка "Перейти" - "Выплата зарплаты кассовыми ордерами" (в случае, если нужно выплатить через КАССУ и сформировать кассовый ордер на КАЖДОГО сотрудника) 2) стандартной кнопкой "На основании" - ввести документ "Платежное поручение исходящее" или "Расходный кассовый ордер" - именно эти документы сформируют проводки

А на горизонтальной закладке "Отражение в регл.учете" проводки сформированы?
Дело в том, что в регистр бухгалтерии записываются данные именно из этой закладки