Авторы конфигурации для чего-то заложили такую логику:
Заказ покупателя по договору с некоторой фирмой может зарезервировать товар нескольких фирм на нескольких складах.
Реализация производится одной фирмой с одного склада.

Я не могу понять, ка это должно работать.

Согласна.
В справочник Склады добавить реквизит Организация. В формах запретить выбирать склад, не принадлежащий организации. При изменении организацииизменять склад на один из принадлежащхй организации. и соответствующим образом изменить процедуру по кнопке "Заполнить и провести", чтобы она проверяля принадлежности склада организации.
За 20 мин не сумею.

Меня смущает, что я как-бы сокращаю возможности и не следую логике конфигурации.

Отдел закупки покупает товар.
Менеджеры отдела продаж - продают. Они не могут заниматься выяснением, откуда и чей надо снимать резерв, чтобы провести реализацию.

Да, можно поступить так:
Приходовать товары разных организаций на разные склады. Создать две группы доступности складов «Склады организации Тест1» и «Склады организации Тест2» . При создании документов выбирать нужную группу доступности складов.

Но проблему ошибок это не снимает, т.к. один и тот же менеджер и один и тот же кладовщик могут создавать документы от разных организаций .
Т.е. группа доступности складов приписанная пользователю по умолчанию не поможет. Нужно вручную правильно выбирать группу доступности.

Подозреваю, что имея регистры
Товары на складах - Измерения: Склад, Товар;
Товары в резерве на складах - Измерения: Склад, Товар;
Товары организаций - Измерения: Организация, Товар, Склад,
избежать таких ошибок невозможно.

Или можно?

Резервирование и продажа. Две организации в одной базе.
Учет в базе ведется по двум организациям Тест1 (продажи контрагентам купленного товара) и Тест2 (производство и продажа контрагентам промзведенной продукции). Используется один склад Склад.
Организация Тест1 покупает и кладет на Склад 100 штук деталей Деталь. Организация Тест2 для нужд производства также покупает и кладет на Склад 100 штук деталей Деталь.
Организация Тест1 находит покупателя Покупатель1 и резервирует для него на складе Склад (с помощью документа «Заказ покупателя») 100 штук товара Деталь.
Затем организация Тест1 находит покупателя Покупатель2, который платит немедленно, и продает ему со склада Склад 100 штук деталей Деталь (с помощью документа «Реализация товаров и услуг»)
Да, это ошибочное действие, но остатки товаров выводятся на экран в справочнике Номенклатура в разрезе складов, а не в разрезе организаций, поэтому такое действие вполне вероятно.

Документ «Реализация товаров и услуг» проводится без вопросов.
При этом организация Тест1 не может продать товар Деталь покупателю Покупатель1, так как весь ее товар продан. А Организация Тест2 не может использовать товар Деталь, т.к. он числится в резерве организации Тест1 для покупателя Покупатель1.

Подскажите, пожалуйста, какие настройки нужно установить, чтобы ошибка обнаруживалась на этапе проведения документа «Реализация товаров и услуг».

Используется
платформа 1С (8.1.13.41)
конф. «Управление торговлей для Украины» версия 2.3.2.6.
Установлены настройки:
Учетная политика:
Вести учет товаров организаций в разрезе складов = Да,
Вести партионный учет по складам = Да,
Списывать партии при проведении документов = Да,
Дополнительные настройки пользователя:
Разрешить превышение остатка товаров на складе = Нет
Разрешить превышение остатка товаров организации = Нет.