То есть, есть корень сайта, а дальше вложенные папки ГруппаТовара|ПодгруппаТовара|Артикул|Наименование?
Схематично:
Для Каждого стрСайт Из таблСайт Цикл
Для Каждого стрФайл Из таблФайл Цикл
Если СтрокиРавны(стрСайт, стрФайл) Тогда
Отметка("НаДиске","НаСайте);
таблФайл.УдалитьТекущуюСтроку(); // Останутся те, которых нет на сайте
Иначе
Отметка("","НаСайте");
КонецЕсли;
КонецЦикла;
КонецЦикла;
// Перенесем оставшиеся строки из таблФайл в таблСайт
Для Каждого стрФайл Из таблФайл Цикл
таблСайт.ДобавитьСтроку(стрФайл);
Отметка("НаДиске","");
КонецЦикла;