Думаю, Вы не выполнили регистрацию отчетов (в Настройках на закладке "Регистрация отчетов").
Я кое-что изменил в обработке (повторюсь, автор - не я, я только актуализировал обработку).
Что изменил:
- теперь обработки автоматически регистрируются при открытии обработки, и снимается признак использования внешнего отчета при закрытии обработки.
Это упростит работу с обработкой для пользователя
- добавил в настройках опцию "ВыгружатьКодЕДРПОУПокупателя". В описании указал, что будет происходить. Для чего это нужно - в МЕДоке появилась возможность автоматически отсылать налоговый документ контрагенту, по его коду ЕДРПОУ. При проверке по схеме будет выдаваться предупреждение о некорректном реквизите, но файл выгружается, не волнуйтесь

Подправил для Налоговых накладных с января 2015 года (проверено на типовой "Бухгалтерии для Украины", релиз 1.2.25.1)
 Групповая_выгрузка_налоговых_документов_XML__2015_.zip ( 2,19 мегабайт ) Кол-во скачиваний: 421

Документ "Зарплата к выплате" - он подготавливает суммы к выплате, но не является подтверждающим документом. Варианта два: 1) В верхней части документа есть кнопка "Перейти" - "Выплата зарплаты кассовыми ордерами" (в случае, если нужно выплатить через КАССУ и сформировать кассовый ордер на КАЖДОГО сотрудника) 2) стандартной кнопкой "На основании" - ввести документ "Платежное поручение исходящее" или "Расходный кассовый ордер" - именно эти документы сформируют проводки

Для "стыковки" первого-второго события - проверьТЕ:
- вид операции - в "Поступлении товаров и услуг", случайно операция не "Оборудование" или "Объекты строительства"?
- ставка НДС, счета взаиморасчетов и счета НДС
- налоговое назначение
Параметры должны быть одинаковы в документах отгрузки и оплаты

Случайно Договор ведется не по "документам расчетов"?

Я предпочитаю использовать для проверки отчет "Универсальный отчет" по регистру "Приобретения налоговый учет"
Если грамотно настроить это отчет - видно - по каким параметрам нестыковка

Согласен с ответом Егора Динина, но дополню
Сегодня обсуждал с заказчиком подобный вопрос.
Что именно нужно проанализировать в разрезе менеджеров? Судя по фразе "менеджеры продают" - нужно проанализировать продажи (или прибыль).
Возникает вопрос - один контрагент (покупатель) закреплен за одним менеджером или продажа (документ "Реализация товаров и услуг") может быть указана от лица любого менеджера?
В первом случае (один Контрагент закреплен за одним менеджером) - я предлагаю в карточке Контрагента (в нижней части элемента справочника - есть таблица "Менеджеры", один из них указывается как "Основной менеджер") - указать этого "Основного менеджера".
Тогда в отчете (например "Продажи") в кнопке "Настройка" - таблица "Группировка строк" - можно на "плюсик" раскрыть группировку "Контрагент" и выбрать "Основной менеджер контрагента"

Во втором случае - продажа может осуществляться разными менеджерами, или покупатель "безликий" (так называемый Розничный покупатель) - менеджера можно фиксировать в документе "Реализация товаров и услуг" - на закладке "Дополнительно" (кажется) - в ячейке "Ответственный"
Тогда в настройках отчета (например "Продажи") группировку строк можно выполнить по этому реквизиту ("Ответственный", достав его из "Документа-регистратора")

Ответ понятен?

А на горизонтальной закладке "Отражение в регл.учете" проводки сформированы?
Дело в том, что в регистр бухгалтерии записываются данные именно из этой закладки