Необходимо сделать внешнюю обработку в документе "Начисление зарплаты" на закладке НДФЛ. Условие: если у сотрудника есть доход с кодом 126 или 124 (доп. блага), то необходимо пересчитать налог Военный Сбор по формуле (РасчетнаяБазаВС - (РасчетнаяБаза126 * 18%))* 1,5 %.
Или предложите другое решение этой проблемы.