Вы описали бизнес процесс, теперь опишите что необходимо сделать.

Чем является доход менеджеров для фирмы? Это свои доп. затраты на реализацию, услуги партнеров или зп сотрудников?

Из всего вышеперечисленного - это скорее всего услуги партнеров на зарплате: это дистрибьюторы, которым отгружается товар по спец.цене. Дистрибьютор распоряжается своими доходами по собственному усмотрению: содержит филиал, набирает штат сотрудников и контролирует свою деятельность сам. Сам устанавливает себе зарплату, которая начисляется в головном предприятии. Единственное требование: дистрибьютор выступает от лица ООО, подвергается контролю по остаткам, взаиморасчетам с клиентами и головной фирмой... Данная схема должна контролировать деятельность филиалов. Однако, должна быть реализована схема, если головное предприятие нанимает другую организацию, согласившуюся на контроль со стороны головного предприятия по внутреннему делопроизводству: контроль взаиморасчетов, контроль клиентской базы, контроль остатков, контроль деятельности в целом.

Это обычная комиссионная торговля.
Все есть.
Нужен документ перезачета комиссионных вознаграждений в ЗП сотрудников - это надо делать там, где есть и ЗП и взаиморасчеты. Ну, еще связать Сотров с Контрагентами.
Или я что-то упустил?

Я это видел немного по другому:
Головное предприятие отгружает товар на склад нанятого или независимого менеджера(дистрибьютора). У каждого менеджера - свой склад. Менеджер может видеть остатки и цену закупки только своего склада и не может видеть остатки других складов.
Однако у меня не получилось \"продать\" на другой склад с доходной маржой. Можно передавать только по текущей цене на другой склад. Можно ли здесь что-то придумать?
Комиссионная торговля не походит. При комиссионной торговле я вижу только то, что передал комиссионеру, но не вижу 3-й стороны, т.е. кому именно продал комиссионер товар, а значит не могу контролировать развитие дистрибуционной структуры и конечных клиентов

Ну, чтобы перемещать на оптовый склад с маржой - нужно доработать... нечто подобное перемещению в розницу.
По комиссионной - нужно, чтобы комиссионеры вели учет в этой же базе как отдельные Организаци. Получите холдинг и все будет как на ладони.

И всё-таки. Как лучше? На Ваш взгляд?
Не освсем понимаю по документообороту в случае комиссионной торговли... Моя идея со складами мне кажется более понятной почему-то.

Со складами вариант вполне приемлемый. Работать-то Вам.
Определите, в каком отчете(отчетах) и как Вы хотите видеть профит компании и менеджеров.

Вполне нормальный отчет Валовый доход, который уже есть. Чтобы можно было выбирать и смотреть доход по каждому менеджеру, по головному предприятию.

Я так понимаю, никто до конца не понимает задачи, поэтому не хочет браться. Ещё пару дней заказ будет активен, если по истечению это срока не найдется исполнитель - извините, но буду вынужден заказ закрыть.